Tout en s'adaptant au 21ème siècle, Ichabod Crane et Abbie Mills poursuivent leur mission de découvrir les mystères de Sleepy Hollow. Une vision terrifiante envoyée par Katrina, l'ex-femme d'Ichabod, les amène à pourchasser une sorcière du 18ème siècle qui a été réveillée par des maléfices inconnus et qui saccage la ville. Pendant ce temps, et contre toute attente, l'officier Andy Brooks est de retour avec sa propre mission, plutôt discutable.